Nous sommes en 1824. René Caillié, un jeune Français qui voyage déjà depuis quelques années sur les côtes d'Afrique, veut découvrir l'intérieur des terres, là où aucun Blanc ne s'est encore rendu. Ayant pris pied sur les côtes, les Européens sont alors fascinés et terrifiés par ces terres intérieures. Plusieurs explorateurs, dont le plus célèbre est Mungo Park, sont morts de maladie ou tués. Certains peuples interdisent le passage sur leurs territoires et sur ces terres conquises par l'Islam, le voyageur blanc est menacé de mort. Caillié est seul, il a peu d'argent, personne ne veut soutenir son projet, on le prend pour un fou ou un charlatan. Il s'invente une méthode pour voyager. Il va d'abord s'initier dans une tribu maure, les Braknas, où il dit vouloir se convertir à l'Islam. Il change de nom et devient Abdallahi.

Toujours menacé d'être découvert, se cachant pour écrire son journal de voyage, devant gagner la confiance, il rencontre un guide noir, Arafanba qui devient son double africain. Après un nouveau refus d'aide officielle, suspecté par les Blancs d'être passé du côté des indigènes, suspecté d'espionnage par les Braknas, Caillié décide pourtant de partir pour ce périple de 4 500 kilomètres, vers Tombouctou, ville de tous les fantasmes. Il est maintenant Abdallahi, Le serviteur de Dieu, fils d'Égyptien enlevé par les Blancs, esclave affranchi, qui veut retourner sur sa terre natale. Il voyagera à pied comme un mendiant. Tand qu'on le croira, il aura la vie sauve.